Trung tâm Cơ Xương Khớp đang thực hiện các chương trình quản lý một số bệnh cơ xương khớp mạn tính theo thông tư Số 40/2015/TT-BYT, ngày 16 tháng 11 năm 2015, quy định đăng ký khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế ban đầu và chuyển tuyến khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế. Các bệnh nhân thuộc một trong các bệnh: viêm khớp vảy nến (vẩy nến có tổn thương khớp), luput ban đỏ, viêm đa cơ và da cơ, xơ cứng bì hệ thống, bệnh tổ chức liên kết tự miễn hỗn hợp (mixed connective tissue disease), viêm xương tự miễn, viêm cột sống dính khớp, khi chuyển bảo đến khám, điều trị tại Trung tâm Cơ Xương Khớp Bệnh viện Bạch Mai sẽ được đưa vào chương trình quản lý bệnh mạn tính của bệnh tương ứng tại Trung tâm. Người bệnh khi được đưa vào chương trình quản lý bệnh mạn tính tại Trung tâm Cơ Xương Khớp chỉ phải chuyển bảo hiểm y tế một lần trong năm, được quản lý, theo dõi, điều trị bệnh trong năm dương lịch tương ứng. Người bệnh lưu ý trong giấy chuyển bảo hiểm, người bệnh cần yêu cầu cơ sở khám, chữa bệnh nơi chuyển bệnh nhân đi phải ghi rõ và đúng chẩn đoán bệnh theo tên các bệnh liệt kê như ở trên. Trong trường hợp tên bệnh không trùng hoàn toàn thì cần mở ngoăc và trích tên bệnh lấy theo “danh mục các bệnh, nhóm bệnh và các trường hợp được sử dụng giấy chuyển tuyến trong năm dương lịch“, ban hành theo thông tư số 40/2015/TT-BYT ngày 16 tháng 11 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Y tế để tránh vướng mắc trong việc làm các thủ tục hành chính và tài chính.
Đây là các chương trình quản lý bệnh mạn tính quan trọng, ưu việt, giúp có người mắc các bệnh mạn tính được chẩn đoán, điều trị, theo dõi một cách hệ thống, đầy đủ, giúp cho việc điều trị bệnh hiệu quả và ngăn ngừa bệnh tiến triển và các biến chứng ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe và chất lượng cuộc sống của người bệnh.